Prototype is een comicstyle actie-game. In Prototype ben je Alex Mercer. Hij is door een vreemd virus besmet. De game speelt zich af in New York City. Waarom is hij besmet?

Alex Mercer gaat op zoek. Door het virus heeft Alex een aantal belangrijke krachten. Hij heeft enorme klauwen en een grote sprongkracht. Ook kan hij de gedaante van zijn tegenstander aannemen. Je hebt in Prototype alle ruimte om te gaan en staan waar jij wilt. Los problemen op zoals jij het wilt.